Dna dizisi tabanlı olarak raphıdascarıs acus’un moleküler tanımlaması

Abstract

Bu araştırmada, müze materyali olarak etil alkol ortamında korunan Raphidascaris acus türünün (Nematoda, Ascarididae) 5.8S gen dizisi üzerinden moleküler tanımlaması yapılmıştır. 5.8S rRNA gen bölgesi dizi verileri, anatomik ve morfolojik yapılarına göre tanımlaması yapılan R. acus türünün taksonomik konumunu doğrulamıştır. Bu süreçte, özel olarak tasarlanan AcusF ve AcusR primerleri kullanılmıştır. gDNA (5.8S rRNA) geninin 750 bp kısmi belirgin nükleotidleri, her numuneden doğrudan dizilenmiştir. Araştırmada incelenen 12 R.acus örneğine ait 5.8S gen dizilerinde hiçbir nükleotid varyasyonu tespit edilmedi. 5.8S hizalı nükleotid dizileri bakımından, bu araştırmanın Raphidascaris acus izolatları (MK271779-MK271790) ile iki R.acus izolatı (KT633862, KM047505) arasında minimum varyasyon görülmüştür. Buna karşın, AY603537 R.acus izolatı ile %4.11 farklılık bulunmuştur. R.acus izolatlarımız, dört Raphidascaris türü ile (JN102362.1 Raphidascaris longispicula, FJ009682.1 Raphidascaris trichiuri, JF809816.1 Raphidascaris lophii, KR232377.1 Raphidascaris macrouri) %13.03-14.97, GQ215514.1 Eustrongylides sp. dış grubu ile %26 farklılık göstermiştir. Ayrıca bu çalışma sonuçları ile etanolde fikse edilen ve uzun süre etanolde korunan R.acus gDNA'larının hasar görmediğini ve rutin olarak çoğaltılabildiği gösterilmiştir.

In this study, the molecular identification of the Raphidascaris acus species (Nematoda, Ascarididae), which is protected as a material in the ethyl alcohol environment, was carried out on the 5.8S gene sequence. The 5.8S rRNA gene region sequence data confirmed the taxonomic position of the R. acus species, which was identified according to their anatomical and morphological structures. In this process, specifically designed AcusF and AcusR primers were used. 750 bp partial certain nucleotides of the gDNA (5.8S rRNA) gene was sequenced directly from each sample. No nucleotide variations were detected in the 5.8S gene sequences of the 12 R.acus samples examined in the study. In terms of the 5.8S aligned nucleotide sequences, the minimum nucleotide variations were detected between the present Raphidascaris acus isolates (MK271779-MK271790) and the two R.acus isolates (KT633862, KM047505).On the other hand, AY603537 R.acus isolate showed 4.11% difference. Our R.acus isolates differed by three Raphidascaris species (JN102362.1 Raphidascaris longispicula, FJ009682.1 Raphidascaris trichiuri, JF809816.1 Raphidascaris lophii, KR232377.1 Raphidascaris macrouri) 13.03-14.97%, GQ215514.1 Eustrongylides sp. external group 26%. In addition, the present data showed that R.acus gDNAs fixed in ethanol and preserved in ethanol for a long time were not damaged and routinely reproduced.