Bitkilerde DNA Barkotları

Abstract

“DNA barkot” DNA dizisi temelli bir sistem olup bir veya birkaç lokus kullanılarak türlerin tanımlanmasını sağlar. Yani türlerin tanımlanmasında DNA’daki standart bir bölgenin dizilenmesini gerektirmektedir. Hayvanlar aleminde, mitokondriyal sitokrom c oksidaz geni evrensel barkodu olarak kullanılırken bitki barkotları için hangi bölge veya bölgelerin kullanılacağı konusunda bir uzlaşma bulunmamaktadır. Bitkilerde, mitokondriyal genlerin nükleotid değişim oranları düşük olduğundan bitki barkodu olarak uygun değillerdir. Günümüzde, Yaşam Barkot Konsorsiyumu’na (CBOL) bağlı farklı bitki çalışma grupları çekirdek ve plastid genomundaki farklı barkot bölge adaylarını test etmektedirler. Bu test edilen bölgelerin çoğu plastid genom bölgeleridir ki örneğin kodlama yapan bölgelerden matK, rbcL, rpoB, rpoC1, kodlama yapmayan bölgelerden atpF–atpH, trnH–psbA ve psbK–psbI bölgeleridir. Bununla birlikte, çekirdek gen bölgelerinden Transkripsiyonu Yapılan İç Ara Bölgeler (ITS1 ve ITS2) yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada, bilim dünyasındaki en yeni bitki barkot çalışmaları ve yönelimleri araştırılmıştır.

“DNA barcode” which is a DNA sequence-based identification system, supports that may be used one locus or several loci for species identification. Otherwise, it implies sequencing a standard region of DNA for species identification. In animal kingdom, cytochrome c oxidase 1 (called coxI or COI) gene was used as universal barcode while there was no consensus that which region or regions should be used for barcoding plants. In plants, mitochondrial genes have low nucleotide substitution rates. Thus, these genes were not convenient for plant barcoding. Nowadays, different plant working groups in CBOL (Consortium for the Barcode of Life’s) tested various putative barcode regions in plastid and nuclear genome. The most of them were plastid regions such as matK, rbcL, rpoB, rpoC1 in coding regions, atpF–atpH, trnH–psbA, and psbK–psbI in noncoding regions. Besides, nuclear gene regions such as ITS1 and ITS2 (Internal Transcribed Spacer) were used widely. In this study, we explore the latest plant barcoding studies and tendencies in scientific world.