Gelişmiş Arama

Basit öğe kaydını göster

dc.contributor.authorÖmeroğlu Ulu, Zehra
dc.contributor.authorÇelik, Merve
dc.contributor.authorUlu, Salih
dc.contributor.authorÖzdemir Özgentürk, Nehir
dc.date.accessioned2021-09-17T07:29:36Z
dc.date.available2021-09-17T07:29:36Z
dc.date.issued31.03.2019en_US
dc.identifier.citationOmeroglu Ulu, Z. , Celık, M. , Ulu, S. & Ozdemır Ozgenturk, N. (2019). The Detection of SSRs From The Terrier Dog Normal and Tumoral Mammary Gland Tissue EST Libraries . Kocatepe Veterinary Journal , 12 (1) , 103-109 . DOI: 10.30607/kvj.482551en_US
dc.identifier.urihttps://dergipark.org.tr/tr/pub/kvj/issue/41700/482551
dc.identifier.urihttps://doi.org/10.30607/kvj.482551
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11630/9160
dc.description.abstractDogs share a common environment with humans and knowledge of the specific dog breed diseases is very useful in developing a model for human cancer studies. ESTs represent part of the transcribed genome of an organism and are an important resource for identifying microsatellites. Simple Sequence Repeats (SSRs), or microsatellites, which contain repetitive DNA sequences, are among the most powerful genetic markers known. The development of EST-SSRs has become a fast, efficient, and low-cost option for genomic studies. In this study, to determine SSRs from EST libraryof mammary gland tissue of the Terrier dog that has 2304 ESTs; SSRIT and IMEx software, which have web-based versions and are easily accessible, were used. SSRIT finds motifs from 2 to 10 base lengths and adjusts the minimum number of repeats by eliminating single nucleotide motifs. IMEx finds perfect and imperfect microsatellites separately. It can find motifs of different lengths from 1 to 6 and the minimum number of repeats can be set. In addition, the appropriate primer for the desired SSR region can be designed. The 2, 3, 4, 5 and 6 nucleotide motifs were found for normal tissue ESTs whereas 5 nucleotide motifs were not found for tumoral tissue ESTsen_US
dc.description.abstractKöpekler, insanlarla ortak bir çevreyi paylaşır ve belirli köpek ırklarının hastalıkları hakkında bilgi, insan kanser çalışmaları için bir model geliştirmede çok yararlıdır. EST'ler, bir organizmanın transkribe edilen genomunun bir parçasını temsil eder ve mikrosatellitleri tanımlamak için önemli bir kaynaktır. Tekrarlayan DNA dizilerini içeren Basit Dizi Tekrarları (SSR'ler) veya mikrosatellitler, bilinen en güçlü genetik belirteçler arasındadır. EST-SSR'lerin gelişimi, genomik çalışmalar için hızlı, verimli ve düşük maliyetli bir seçenek haline gelmiştir. Bu çalışmada, 2304 EST içeren Terrier köpeğin meme bezi dokusunun EST koleksiyonundan SSR'lerin belirlenmesi için; Web tabanlı sürümleri olan ve kolayca erişilebilen SSRIT ve IMEx yazılımları kullanılmıştır. SSRIT, 2 ila 10 baz uzunluğundaki motifleri bulur ve tekli nükleotid motiflerini ortadan kaldırarak minimum tekrar sayısını ayarlar. IMEx mükemmel ve kusurlu mikrosatellitleri ayrı ayrı bulur. Farklı uzunluklarda 1 ile 6 arasındaki motifleri bulabilir ve minimum tekrar sayısı ayarlanabilir. Ek olarak, istenen SSR bölgesi için uygun primer tasarlanabilir. Normal doku EST'leri için 2, 3, 4, 5 ve 6 nükleotidli motifler bulunurken, tümörlü doku EST'leri için 5 nükleotidli motif bulunamamıştır.en_US
dc.language.isoengen_US
dc.publisherAfyon Kocatepe Üniversitesien_US
dc.identifier.doi10.30607/kvj.482551en_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectSSRen_US
dc.subjectEST-SSRen_US
dc.subjectTerrieren_US
dc.subjectCanceren_US
dc.subjectDogen_US
dc.titleThe detection of SSRs from the terrier dog normal and tumoral mammary gland tissue EST Librariesen_US
dc.title.alternativeTerrier köpek normal ve tümörlü meme dokusu EST Kütüphanelerinden SSR’ların belirlenmesien_US
dc.typearticleen_US
dc.relation.journalKocatepe Veteriner Dergisien_US
dc.departmentFakülteler, Veteriner Fakültesi, Veteriner Hekimlik ve Temel Bilimler Bölümüen_US
dc.authorid0000-0002-8884-4683en_US
dc.authorid0000-0002-7801-6067en_US
dc.authorid0000-0002-4505-0197en_US
dc.authorid0000-0001-7093-7403en_US
dc.identifier.volume12en_US
dc.identifier.startpage103en_US
dc.identifier.endpage109en_US
dc.identifier.issue1en_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Uluslararası Hakemli Dergi - Başka Kurum Yazarıen_US


Bu öğenin dosyaları:

Thumbnail

Bu öğe aşağıdaki koleksiyon(lar)da görünmektedir.

Basit öğe kaydını göster