Anadolu mandalarında süt verimi üzerine stat5a genindeki snp'lerin etkisinin araştırılması

Abstract

STAT5A genleri meme bezi gelişimi, süt proteini sentezi, meme glandüler hücre proliferasyonu ve süt-protein gen ekspresyonunun düzenlenmesi, PRL ve GH sinyallerine atmekde, döllenme ve embriyonik gelişim süreçlerinde önemli rol oynamaktadır. Meme bezi oluşumunda ve laktasyonda önemli rollere sahip olan STAT5A geni özellikle süt üreten hayvanlarda araştırılmaya aday genler arasında bulunmaktadır. Bu çalışmada Afyonkarahisar bölgesinde bulunan 192 adet Anadolu mandasından kıl örnekleri alınmış ve DNA Dizi Analizi işlemi uygulanmıştır. Elde edilen bulgulara süt verimleri eklenerek polimorfik bölgelerle süt verimi arasındaki ilişki tespit edilmeye çalışılmıştır.

Araştırmada STAT5A geninin 6-9. ekzonları arasındaki 1720 bp uzunluğundaki alan incelenmiştir. DNA Dizi Analizi sonucunda 7. intronda 5, 8. intronda 7 ve 8. ekzonda 1 adet olmak üzere toplamda 13 adet polimorfizm tespit edilmiştir. Düzeltilmiş süt verim ortalamaları eklenerek Minitab istatistik programı yardımıyla ilişkilendirme analizi yapılmış ve 8. ekzonda yer alan SNP12237 C>T polimorfizminin süt verimiyle arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki olduğu saptanmıştır. Belirlenen SNP’lerde genotip frekansı, toplam allel sayısı, allel frekansları ve heterozigotluk değerleri R dili kullanılarak geliştirilmiş Genetics paketi ile hesaplanmıştır. Haplogrupların oluşturulmasında Haploview programı kullanılmıştır. Sonuç olarak, SNP12237' nin manda ıslah çalışmalarında süt verimini artırmak amacıyla kullanılabileceği kanaatine varılmış olup, mandaların ıslahı için STAT5A geninin daha kapsamlı araştırılmasında fayda vardır.

STAT5 genes play an important role in mammary gland development, milk protein synthesis, mammary glandular cell proliferation and regulation of milk-protein gene expression, mediating PRL and GH signals, fertilization and embryonic development. The STAT5A gene, which has important roles in mammary gland formation and lactation, is among the candidate genes to be investigated, especially in milk-producing animals. In this study, hairs samples were taken from 192 Anatolian buffaloes in Afyonkarahisar region and DNA Sequence Analysis process was applied. By adding milk yields to the findings obtained, the relationship between polymorphic regions and milk yield was tried to be determined.

In the study, the 1720 bp long area between the 6-9 exons of the STAT5A gene was examined. As a result of DNA Sequence Analysis, a total of 13 polymorphisms were detected, 5 in the 7th intron, 7 in the 8th intron and 1 in the 8th exon. Correlation analysis was performed with the help of Minitab statistical program by adding corrected milk yield averages and it was determined that there is a statistically significant relationship between SNP12237 C>T polymorphism in the 8th exon and milk yield. Genotype frequency, total number of alleles, allele frequencies and heterozygosity values of the determined SNPs were calculated with the Genetics package developed using the R language. Haploview program was used to create haplogroups. As a result, it has been concluded that SNP12237 can be used in buffalo breeding studies to increase milk yield, and it would be beneficial to investigate the STAT5A gene more comprehensively for breeding buffaloes.