| dc.contributor.advisor | Tutgun Onrat, Serap | |
| dc.contributor.author | Çeken, İbrahim | |
| dc.date.accessioned | 2019-05-31T06:09:52Z | |
| dc.date.available | 2019-05-31T06:09:52Z | |
| dc.date.issued | 2009 | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11630/6390 | |
| dc.description | Loss of function in genes in the genome of living organisms to cause various numerical and structural aberrations. As the genome without any abnormal changes can occur depending on environmental or genetic conditions, such as DNA methylation in epigenetics factors may cause.
Mismatch repair mechanism, for various reasons, on DNA base pairing of non- complementary to each other in case of mismatched bases are recognized and correct some puts. MLH1, MSH2, MSH6, MSH3, MLH3, PMS2, MGMT genes are also involved in mismatch repair mechanisms.
In our study with a diagnosis of colorectal cancer tissue samples embedded in paraffin were used. With total 70 samples were studied. Example of 41 men (58.6%) and 29 units women (41.4%) patients consists of. The mean age of 55.02% male sample, women's average age of the samples was determined as 61.76%. Total of 49 samples (70.0%) with a diagnosis of adenocarcinoma, 21 total (30.0%) consists of patients with carcinoma.
Multiplex ligation probe-based amplifkasyonu (MLPA) in a single reaction to the same or different genes may be more than one target regions amplification. Methyl-sensitive segments of this gene region, depending on the enzyme reaction is able to provide information about the status of methylation. This part of the enzyme reaction is used for the HhaI restriction endonuclease.
In our study, MS-MLPA (Multiplex ligation Metilayon Specific Probes Based Ampklifikasyonu) method was used. With this method, a single reaction many target region can be amplified. The target area also includes series of CpG methylation according to the state sector through the enzyme HhaI cutting process are being realized, as a result of this process the target area, depending on whether the amplified region methylation status of the gene can be detected.
We study in patients with a diagnosis of colon cancer who served in mismatched repair gene methylation frequency was detected in the region of the CpG. The results obtained in genes involved in DNA repair occurring between methylation of the factors that cause colorectal carsinogenesis where the subject has an important idea.
Methylation-sensitive enzyme cutting region containing MLH1, MSH2, MSH6, MSH3, MLH3, PMS2, MGMT gene belonging to a total of 21 units of the specific target region probe amplification was performed. According to the results of this amplification mean MLH1 methylation rates (97.14%), MSH2 (24.28), MSH6 (67.14%), MSH3 (% 78.57), MLH3 (75.71), PMS2 (65.71%), MGMT (% 82.85) were found to be.
The genes responsible for repairing mismatch methylation rates observed in this very meaningful in terms of colorectal carsinogenesis found. In particular the highest rate of methylation in the loss of function in all types of colorectal cancer most common in the MLH1 gene was observed that this case study suggests parallels between our literature. | en_US |
| dc.description.abstract | Canlı organizmaların genomdaki fonksiyon kayıplarına genlerdeki çeşitli sayısal ve yapısal aberrasyonlar sebep olduğu gibi, genomda herhangi bir anormal değişiklik olmadan çevresel veya genetik şartlara bağlı olarak oluşabilen DNA metilasyonu gibi epigenetik faktörler de sebep olabilmektedir.
Hatalı-eşleşme tamir mekanizması, çeşitli sebeplerle DNA üzerindeki birbirinin komplementeri olmayan bazların eşleşmesi halinde, hatalı eşleşen bazları tanımakta ve doğru bazı yerleştirmektedir. MLH1, MSH2, MSH6, MSH3, MLH3, PMS2, MGMT genleri hatalı- eşleşme tamir mekanizmasında görev almaktadır.
Çalışmamızda parafine gömülü kolorektal kanser tanılı doku örnekleri kullanıldı. Toplam 70 adet örnek ile çalışıldı. Örneklerimiz 41 adet erkek (% 58,6) ve 29 adet kadın (% 41,4) olgulardan oluşmaktadır. Erkek örneklerin yaş ortalaması % 55,02, kadın örneklerin yaş ortalaması % 61,76 olarak tesbit edilmiştir. Örneklerin 49 adeti (% 70,0) adenokarsinom tanılı, 21 adeti (% 30,0) karsinom tanılı olgulardan oluşmaktadır.
Multipleks ligasyon esaslı prob amplifkasyonu (MLPA) tek reaksiyonda aynı veya farklı genlere ait birden fazla hedef bölgelerinin amplifikasyonunu yapabilmektedir. Bu gen bölgelerinin metil-duyarlı kesim enzimi reaksiyonuna bağlı olarak metilasyon durumu ile ilgili bilgi verebilmektedir. Bu kesim reaksiyonu için HhaI restriksiyon endonükleaz enzimi kullanılmaktadır.
Çalışmamızda MS-MLPA (Metilayon Spesifik Multipleks Ligasyon Esaslı Prob Ampklifikasyonu) yöntemi kullanılmıştır. Bu yöntem ile tek reaksiyonda çok sayıda hedef bölge amplifiye edilebilmektedir. Ayrıca CpG dizisi içeren hedef bölgelerin metilasyon durumuna göre HhaI kesim enzimi aracılığıyla kesim işlemi gerçekleştirilmekte, bu işlem sonucunda hedef bölgenin amplifiye olup olmamasına bağlı olarak ilgili gen bölgesinin metilasyon durumunu saptanabilmektedir.
Yaptığımız çalışmada kolon kanser tanılı olgulardaki hatalı eşleşme tamirinde görev yapan genlerin CpG bölgelerinde metilasyon sıklığı tesbit edildi. Elde edilen sonuçlar DNA tamirinde görev alan genlerde meydana gelen metilasyonun kolorektal karsinogenesize sebep olan faktörlerin arasında yer ald ığı konusunda önemli bir fikir verdi.
Metilasyon duyarlı enzim kesim bölgesi içeren MLH1, MSH2, MSH6, MSH3, MLH3, PMS2, MGMT genlerine ait toplam 21 adet özgül hedef bölgenin prob amplifikasyonu yapıld ı. Bu amplifikasyon sonuçlarına göre metilasyon oranları ortalama MLH1 (% 97.14), MSH2 (% 24.28), MSH6 (% 67.14), MSH3 (% 78.57), MLH3 (%75.71), PMS2 (% 65.71), MGMT (% 82.85) olarak saptandı.
Hatalı-eşleşme tamirinde sorumlu olan genlerde gözlenen bu metilasyon oranları kolorektal karsinogenesiz açısından oldukça anlamlı bulduk. Özellikle en yüksek metilasyon oranı bütün kolorektal kanser tiplerinde fonksiyon kayb ına en sık rastlanan MLH1 geninde gözlendi ki, bu durum çalışmamızla literatür arasında paralellik göstermektedir. | en_US |
| dc.language.iso | tur | en_US |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess | en_US |
| dc.subject | Kanser, Kolon Kanseri, Hatalı-Eşleşme Tamir Genleri, DNA Metilasyonu, MS-MLPA (Metilasyon Spesifik Multipleks Ligasyon Esaslı Prob Amplifikasyonu) | en_US |
| dc.title | KOLON KANSERİ TANILI OLGULARDA MS-MLPA METODU İLE MMR(MISMATCH REPAIR=HATALI EŞLEŞME TAMİRİ) GENLERİNDE METİLASYON SIKLIĞININ SAPTANMASI | en_US |
| dc.title.alternative | DETECTION OF METHYLATION PATTERN AT MMR(MISMATCH REPAIR) GENES BY MS-MLPA METHOD IN CASES OF COLON CANCER | en_US |
| dc.type | masterThesis | en_US |
| dc.identifier.startpage | 1 | en_US |
| dc.identifier.endpage | 99 | en_US |
| dc.relation.publicationcategory | Tez | en_US |
